Томский футбол имеет богатую и интересную историю. Еще в конце XIX века доктор Владислав Пирусский организовал в Томске третье во всей Российской империи Общество содействия физическому развитию и на его летних площадках томские мальчишки гоняли футбольный мяч. Правда, мяч был тряпичный, а первый настоящий английский мяч был выписан в Томск из Киева в 1909 году, когда в Обществе содействия открылась первая футбольная секция.

С 1913 года в Томске стал проводиться регулярные чемпионаты города, о котором писала местная пресса и центральный спортивный журнал "Русский спорт". В 1914 году томичи первыми за Уралом отправились в дальнюю поездку и провели товарищеский матч в Семипалатинске, с местным спортивным кружком. В 1917 году в Томске состоялся первый международный матч: сборная города выиграла у сборной военнопленных Австро-Венгрии со счетом 1:0.

До середины 20-х годов томский футбол занимал ведущие позиции в Сибири, не раз был призером сибирских чемпионатов. Однако в 30-е годы Томск стал "уездным городом" Новосибирской области, местный футбол заметно стал терять в классе, лучших игроков переводили или переманивали в столичные города. Новый расцвет томского футбола начался с середины 50-х годов, когда томский "Буревестник" стал чемпионом Сибири, занял 5-е место по РСФСР и получил на всероссийском финале приз самой техничной команды.

В 1957 году томский "Буревестник" был включен в чемпионат СССР, в класс "Б" и стал одним из лидеров Сибирско-дальневосточной зоны. В 1959 году томская команда подтвердила свой хороший уровень в матчах с командами высшего эшелона. В матчах на Кубок СССР томичи победили киевское "Динамо" 1:0 и едва не выиграли у московского "Торпедо", ведя в счете в итоге уступили - 1:2. За прошедшие годы томская команда не раз меняла свое название, наиболее удачно она выступала под флагом "Томлеса" во второй группе класса "А".

С 1988 года команда именуется "Томью", и приблизительно в эти годы стал закладываться фундамент команды, которая в 90-е годы вернула Томску былой авторитет и стала флагманом футбола за Уралом. Главному тренеру Борису Фальковскому удалось подобрать молодых и талантливых исполнителей (Виктор Себелев, Валерий Коновалов, Дмитрий Кудинов, Александр Дробешкин), и они при поддержке опытной обороны во главе с голкипером Сергеем Краснослободцевым демонстрировали интересную динамичную игру, а в 1990 году возглавляли турнирную таблицу после первого круга. Однако команде не хватало стабильности, предельно коротка была скамейка запасных, а главное, у "Томи" не было нормальной финансовой, материально-технической, да просто тренировочной базы. У клуба не было ни помещений, ни раздевалок; не удивительно, что стабильно держаться в лидерах томичам не удавалось. Однако постепенно "Томь" набирала силу.

В эти же годы начал формироваться тренерский и руководящий штаб томской команды, костяк которого сохраняется и по сей день: Борис Вайнштейн, Владимир Помещиков, Владимир Потапкин, чуть позже - Юрий Степанов, затем Александр Скороходов и Сергей Краснослободцев. Руководителям клуба в те годы приходилось работать в сложных и неведомых ранее условиях рынка, безденежья, системного кризиса, самообеспечения. Тем не менее, при всех трудностях "Томь" удалось в итоге направить в выигрышное русло.

В 1994 году пришел первый успех - под руководством молодого тренера Владимира Помещикова томичи завоевали серебряные награды второй лиги (правда, в первенстве нашей зоны тогда не участвовали команды Дальнего Востока), а рыжеволосый форвард Руслан Ахиджак установил рекорд результативности - 18 мячей за сезон.

В 1995 году "Томь" наконец-то обрела солидного спонсора и союзника в лице Восточно-нефтяной компании и ее вице-президента Виктора Ивановича Калюжного. Перед командой была поставлена задача выхода в первую лигу и приглашен опытный тренер Владимир Юрин, прошедший школу московского "Торпедо". С первой попытки взять намеченную вершину не удалось - "Томь" была второй, уступив омскому "Иртышу". Зато в 1997 году томичи были первыми с солидным отрывом в 15 очков. Команду усилили известные игроки московского "Торпедо" Сергей Жуков, Андрей Талалаев, Михаил Мурашов, вернувшиеся в команду Вячеслав Вишневский и Дмитрий Кудинов, высокорослый бомбардир сибирской зоны Сергей Агеев. Выход в первый дивизион стал большим праздником для многотысячной армии томских болельщиков, и практически за одну зиму были построены новая западная трибуна и административно-бытовой корпус клуба. Однако дебют в первом дивизионе стал суровым испытанием: прошла приватизация ВНК, и команда "Томь" осталась без спонсора. Выжить удалось практически чудом. Затем руку помощи протянули областные власти, а с осени 1999 года генеральным спонсором "Томи" стал "Востокгазпром" во главе с его президентом и большим болельщиком Сергеем Анатольевичем Жвачкиным. Но перед этим команду достаточно неожиданно покинул главный тренер Владимир Юрин. Его молодому преемнику Владимиру Пузанову и руководству клуба опять пришлось трудиться в экстремальных условиях. Тем не менее, несмотря на все передряги, футбольный клуб "Томь" продолжал медленно, но верно подниматься к далеким еще вершинам турнирной таблицы первого дивизиона. 1998 год - 14 место, 1999 год - 12 место, 2000 год - 10 место… К прежнему костяку команды (Валерий Коновалов, Виктор Себелев, Сергей Жуков, Сергей Агеев) прибавились талантливые футболисты сибирского региона: Александр Суровцев, Василий Янотовский, Андрей Силютин, Виктор Исайченко, Эдуард Барышев, Алексей Кандалинцев, а так же опытные Сергей Передня и Алексей Щиголев. Самобытная игра команды, собиравшая постоянно полные трибуны стадиона "Труд", сделала ее заметной фигурой в первом дивизионе. В Томске терпели фиаско все лидеры и фавориты, которые затем все же добивались заветной путевки в высшую лигу: нижегородский "Локомотив", ярославский "Шинник", воронежский "Факел", "Торпедо-ЗИЛ", казанский "Рубин"… Однако, оставаясь грозой авторитетов, "Томь" не выходила на стабильный лидерский уровень. Для решения этой задачи в сибирский клуб был приглашен честолюбивый и талантливый наставник Валерий Петраков из тренерского штаба московского "Торпедо". За короткий срок ему удалось привить футболистам дух победителей и четко выстроить тренировочный процесс. Команду пополнили новые игроки, создавшие неплохой сплав опыта и молодости: Александр Жидков и Алексей Бугаев (через два года Алексей стал основным игроком сборной России), Александр Студзинский и Сергей Яскович, Дмитрий Годунок и Александр Шутов, братья Сергей и Дмитрий Скобляковы, Евгений Калешин.

Амбиции молодого тренера были поддержаны клубом и спонсором. Дела "Томи" быстро пошли в гору. И если бронзовые медали сезона 2002 года были восприняты болельщиками на ура, то бронза следующего сезона была уже с горьковатым привкусом. Еще бы: до заветной путевки томичам не хватило одного шага, одного точного удара. На церемонии награждения президент ПФЛ Николай Толстых произнес со сцены: "Томску пора в Премьер-лигу!" - чем, собственно, и выразил настрой всех собравшихся в переполненном Большом концертном зале. Однако мало кто представлял, какие драмы и катаклизмы ждут томскую команду и ее болельщиков на этом пути. В межсезонье-2005 клуб покинул тренер Валерий Петраков, возглавивший ФК "Москва" в Премьер-лиге, ушла и целая группа футболистов-лидеров. Пришедший на смену Петракову Дмитрий Галямин пригласил для решения поставленной задачи хороших футболистов: Дениса Киселева, Александра Антипенко, Олега Шишкина, Томаша Выходила, однако настоящего контакта с командой найти не сумел. А невезение, груз ответственности, давивший на игроков, судейские ошибки, нервозность - все это сделало свое черное дело. И томская команда испытала невиданный в своей истории стартовый провал: после шести туров у "Томи" было всего 2 очка и последнее место в турнирной таблице. После домашнего поражения от "Орла" футболисты впервые услышали скандирование ряда болельщиков "По-зор! По-зор!" Тренер Дмитрий Галямин подал в отставку. Казалось, что на всех высоких задачах нужно ставить крест и бороться за выживание. Но в этой ситуации железную волю, характер и профессионализм проявили руководители клуба, да и весь состав футбольного клуба в этих сложных психологических условиях работал без паникерства и упаднических настроений. В команду был приглашен новый наставник Александр Гостенин, которому удалось успокоить и раскрепостить ребят. И "Томь" заиграла, долгожданные победы пришли. Первая из них была добыта в Новокузнецке, куда приехали несколько сотен томских болельщиков и горячо поддержали команду. А всего в оставшихся 36 матчах "Томь" одержала 27 побед, в том числе в блестящем стиле был повержен главный претендент на вторую путевку саратовский "Сокол". Погоня за "Соколом" и заветной путевкой долгое время казалась безнадежным мероприятием. Однако ощущая горячее дыхание сибирского конкурента Саратов дрогнул, в предпоследнем туре проиграл дома Туле и уступил Томску вторую строчку. Заключительный матч первенства с "Анжи" стал грандиозным праздником для всей Сибири, все соседи приехали болеть за нас. И "Томь" совершила это чудо, победно завершив свой уникальный марш-бросок и заслуженно пробившись в Премьер-лигу!